El tornado entró por la zona de San Francisco, procedente de Portugal, según testigos. Vino precedido de tormenta. Atravesó núcleo urbano en dirección NE, saliendo a zonas rurales. Continuó su avance hacia el NE, atravesando zonas de los municipios de Isla Cristina, Lepe y Cartaya, afectando a invernaderos, naves industriales y arbolado. A la altura de Cartaya se pierde su rastro, más o menos sobre la misma autovía A-49.

El tornado entró desde Portugal, donde según diversos testimonios también se produjeron daños por el viento. Un testigo indirecto en Ayamonte refiere que se veía como una masa gris muy ancha que llegaba al suelo y no dejaba ver más allá, como dando vueltas sobre sí misma. Diversos testigos refieren un ruido "muy particular" más intenso y distinto del de viento fuerte. La afectación es un tanto irregular, con daños más marcados en algunas zonas y más leves en otras, pero continua a lo largo de todo el recorrido.